J. Mačiukevičius mokėsi Betygalos vidurinėje mokykloje, dėl ligos negalėdamas jos lankyti – savarankiškai. Lietuvos invalidų draugijos iniciatorius, 1988–1991 m. jos pirmininkas. 1989 m. išrinktas LDDP CK nariu. 1990 m. kartu su Juozu Nekrošiumi ir Juozu Šapoka įsteigė „Bičiulystę“, oficialų neįgaliųjų gyvenimą atspindintį savaitraštį. 1992–1996 m. Lietuvos invalidų tarybos prie LR Vyriausybės pirmininkas.

Mačiukevičius apdovanotas LTSR Aukščiausios Tarybos prezidiumo Garbės raštu (1964), Lietuvos Lenino komjaunimo premija už knygą Laikrodžiai nesustoja (1969), Lietuvos Valstybine premija už oratoriją Septynios giesmės apie gyvenimo medį (1986), 1990 m. jam suteiktas Lietuvos TSR nusipelniusio kultūros veikėjo vardas. 2000 m. jo knyga Ančiukas Krypčiukas pripažinta reikšmingiausia metų knyga. 2008 m. už knygą Legenda apie legendą jam paskirta Vytauto Tamulaičio premija. 2009 m. Socialinės apsaugos ir darbo ministerija įteikė jam Gerumo žvaigždės apdovanojimą. 2014 m. LR Prezidento J. Mačiukevičių apdovanojo ordino „Už nuopelnus Lietuvai“ Riterio kryžiumi su įrašu diplome: „Už asmeninį indėlį atkuriant nepriklausomą Lietuvą ir įtvirtinant šalies nepriklausomybę, už šiuolaikiškos valstybės kūrimą ir puoselėjimą, už Lietuvos vardo garsinimą kūrybiniais ir profesiniais pasiekimais bei laimėjimais.“ 2015 m. rašytojui suteiktas Raseinių garbės piliečio vardas.

1968 metais Lietuvos kino studija sukūrė apie jį kino žurnalą „Žalioji spalva“, kuris šiuo metu saugomas Lietuvos centrinio valstybės archyvo Kino dokumentų skyriuje.

Parašė daugiau kaip 40 įvairių žanrų knygų, išleistų Lietuvoje ir užsienyje. J. Mačiukevičiaus knygų išversta į estų, latvių, lenkų, rusų kalbas. Pagal jo žodžius kompozitorius Benjaminas Gorbulskis parašė operetę „Adomas nenori būti Adomu“ (pastatyta 1982 m.), kompozitorius Rimvydas Racevičius sukūrė oratoriją „Septynios giesmės apie gyvenimo medį“ (1985 m.).
Kūrybai būdingas autobiografiškumas ir lyrizmas, kartais pasireiškiantis pasikartojančiomis klišėmis.

Rašytojas išleido:

aštuonias poezijos knygas:

Kraujo analizė (1969),
Nematomas smuikas (1975),
Apie tave ir tau (1980),
Laimę pažinęs (1984),
Neprašau gyvenimų dviejų (1989),
Sugrįžimai (1996),
Ką gyvenimas skyrė (proza, poezija, 2003),
Kas mes šiame pasaulyje be vienas kito… (meilės lyrika (sud. Julius Jasaitis), 2004;

keturiolika apysakų knygų (iš jų penkios – detektyvinės):

Laikrodžiai nesustoja (1968, 1974, 2005),
Rojaus kampelis (1971),
Trys pirštai (1973),
Penktoji pražanga (1973),
Mingaudas didysis – Mingaudas mažasis (1978),
Šimtosios vasaros pradžia (1981),
Visam gyvenimui (1986),
Sielos vibracija (1988),
Kažkas turėtų būti (1989),
Meilės išbandymas kasdienybe. Kvietėte gydytoją (1997),
Detektyvas iš penktosios palatos. Susitikimas su tėvu? (1997),
Gaisras tik tarp kitko, arba Linksmas Algio Žiūraičio pasakojimas apie savo pirmąjį išaiškintą nusikaltimą jam dar dirbant rajono prokuratūroje (1998),
Kažkas (1998),
Peršauta kepurė (detektyvų rinktinė, 2004);

keturis romanus:

Bučiuoju Žalį (1976),
Jūsų ir mūsų kraujas (1985),
Ilgas žiūrėjimas į žvaigždes (1998),
Porcija (2007);

šešias publicistikos knygas:

Ir gyvenimas, ir žygdarbis (1977),
Ištakos (1980),
Atlantos karštis (1997),
Kita Lietuva (1998),
Palangos reabilitacijos ligoninė: čia sugrįžta viltis (kartu su J. Oleka, A. Poškumi ir kt., 2004),
Mes ir ligoninė (2011);

dvi esė: